サイト全体がどんな物かを考えて設計する

「設計」なんて書くと難しい物に思えますが、実際の所は「どんなサイトにしたいかという事を具体化する事」です
下記の事＋αぐらいが妥当な感じでしょう

• 全体のイメージ
自分のサイトの毛色を決めます
自分の中のイメージを紙等に落書きの様に書いておきます
• 使用するHTMLのバージョン
「HTML 4.01 Transitional」とかあたりでしょう(べつに、HTML 3.2でもXHTML 1.1でもかまわないのですが)
• 複数ページある場合はそれぞれのイメージ
この後、各ページについて設計するので、大まかなイメージでかまわないと思います
ただ、多少繋がりがわかるようにしておく事がコツです(リンク構造を考える際に利用する為)
• 複数ページある場合はメニュー
「メニューを考える」のではなく、「メニューがある」と考えておきましょう
メニューを忘れてしまう事が多々あります